Am 3. Mai 1945, kurz vor Ende des Zweiten Weltkriegs, wurden Neustadt in Holstein und die Neustädter Bucht Schauplatz von nationalsozialistischen Verbrechen und einer Schiffskatastrophe infolge der Bombardierung der mit KZ-Häftlingen belegten Schiffe „Cap Arcona“ und „Thielbek“.
Auf zwei Lastkähnen hatte die SS Häftlinge des KZ Stutthof (bei Danzig) – Männer, Frauen und Kinder verschiedener Nationen, darunter viele Juden und Jüdinnen – über die Ostsee in die Lübecker Bucht verschleppt. Nachdem sie zuerst an der „Thielbek“ festgemacht wurden, landeten diese Lastkähne schließlich am Strand in der Nähe des Lotsenhauses zwischen Neustadt und Pelzerhaken. Hunderten KZ-Häftlingen gelang es an Land zu kommen. Dort und auf den Lastkähnen erschossen durch die Bevölkerung alarmierte SS- und Marinesoldaten sowie Polizisten viele von ihnen am Vormittag des 3. Mai, weitere auf dem Weg zur Marinekaserne auf dem Wieksberg.
Viele der Ermordeten wurden zunächst in einem Massengrab in der Nähe der Anlandestelle der Lastkähne bestattet. Dieser Bestattungsort am heutigen Stutthofweg wurde dann ab 1946 zu einem offiziellen Friedhof. Dorthin ließen die britischen Militärbehörden auch angeschwemmte Leichen der Schiffskatastrophe der „Cap Arcona“ und der „Thielbek“ umbetten, die sich am Nachmittag des 3. Mai ereignet hatte. 1947 wurde dort ein Ehrenmal aufgestellt, 1948 erfolgte die offizielle Einweihung als Ehrenfriedhof.
Parallel zur Anlage des Ehrenfriedhofs am Strand setzte sich das jüdische Komitee des Neustädter Displaced Persons-Lager dafür ein, jüdische Tote, die bis dahin in dem Massengrab am Lotsenhaus, in weiteren Einzel- und Massengräbern am Strand und auf dem Friedhof des Landeskrankenhauses bestattet waren, auf einem eigenen Friedhof würdevoll zu beerdigen. Bereits im August 1945 fanden dazu Kaufverhandlungen mit der Evangelischen Kirchgemeinde Neustadt über einen Teil der Friedhofsfläche am Grasweg statt.
In der zweiten Hälfte des Jahres 1946 wurden die ersten Grabsteine aufgestellt. Am 5. Januar 1947 erfolgte schließlich die Einweihung des Friedhofs, worüber in der jüdischen Zeitung „Unzer Sztyme“, die im DP-Lager Belsen herausgegeben wurde, ein ausführlicher Bericht erschien. Demnach hatten sich „am Neustädter DP-Lager Hunderte von Juden aus Neustadt und den umliegenden Städten und Dörfern sowie Delegationen anderer nationaler Komitees mit Kränzen versammelt und einen Trauerzug gebildet. In bedrückender Stille zog der Trauerzug mit den Delegationen an der Spitze durch die Stadt zu der Gedenkfeier auf dem jüdischen Friedhof.“ Dort sprachen Rabbiner Joel Halperin und Paul Trepmann vom Zentralkomitee der Juden in der britisch besetzten Zone, außerdem Vertreter der Stadt Neustadt in Holstein.